DISC 1
# 1. Prophet
오랫동안 과거의 비밀을 찾아 헤매던 카일은 드디어 자신의 의문을 풀어줄 아담 베일린을 만나게 된다. 아담의 도움으로 카일은 자신의 출생의 비밀과 특별한 능력에 대해 알게 되고, 톰 포스의 훈련을 통해 능력을 개발하게 된다. 트래거 가족은 카일이 떠난 후 변화를 겪게 된다. 니콜은 일도 그만두고 매일 카일 생각만 하며 힘없는 나날을 보내고, 스티븐은 그런 니콜을 보살핀다. 로리는 데클린과 거리감을 느끼며 힘들어하고, 조쉬는 가족에게 신경 쓰지 않는 니콜에게 배신감을 느낀다.
# 2. The Homecoming
카일이 집에 돌아오자 트래거 가족은 크게 기뻐한다. 카일과 같이 온 테일러는 카일의 부모님이 자동차 사고로 모두 사망하여 카일이 의지할 곳이 없다며, 스티븐과 니콜은 카일의 보호자가 돼줄 것을 부탁한다. 카일은 자신의 비밀을 지키기 위해 가장 친한 친구인 데클린에게도 사실을 숨겨야 하고, 트래거 가족에게 거짓말을 해야 하는 상황에 힘겨워한다. 한편 평범해진 카일의 모습에 조쉬는 예전의 신기한 카일의 모습을 그리워하며 실망한다.
# 3. The List of Life
카일은 자신의 특별한 능력과 평범해지고 싶다는 욕망 사이에서 방황한다. 자신의 능력을 발전시키고 강화시키려는 포스 때문에 평범한 삶이 불가능하다는 걸 깨닫고 포스에게 저항한다. 마다코프의 밸런타인은 카일의 존재를 깨닫고, `XX'를 보내 카일의 머릿속에 담긴 정보를 빼내려고 한다.
# 4. Balancing Act
폴스 폭포에서 벌어진 살인사건을 보고 뭔가 이상한 낌새를 느낀 포스는 카일의 훈련을 더욱 강화한다. 가족과의 시간보다 훈련에 더 몰두하는 카일 때문에 서운함을 느낀 트래거 가족은 카일이 그들을 떠날까봐 걱정한다. 조쉬의 생일선물로 차를 사주려던 스티븐은, 회사가 팔려서 자신이 해고됐음을 알리는 전화를 받는다. 가족의 생계를 걱정하던 니콜은 우연히 만난 제시의 개인 상담을 시작하기로 결정하는데…
DISC 2
# 5. Comes to your senses
스티븐이 실직한 상황에서 니콜은 제시와의 상담으로 다시 의사 일을 시작한다. 새로 전학 와서 적응한다던 제시는, 니콜의 집에 오자마자 카일의 존재를 느끼며 이상한 행동을 하기 시작한다. 데클린은 로리를 찾아와 서로의 물건을 다시 교환하고, 집을 나가는 도중 제시를 만나 묘한 시선을 나눈다. 한편 카일은 아만다의 집에 든 도둑을 쫓지만 잡는 데는 실패한다. 도둑맞은 팔찌를 찾으면 아만다의 화를 풀 수 있을 거라 생각한 카일은 로리와 함께 범인 색출에 나선다. 스티븐은 조쉬의 게임을 하다가 조쉬가 대마초에 손을 댔다는 사실을 알게 되는데…
# 6. Does Kyle dream of electric fish?
카일은 카페 안에서 제시를 보고, 잠시 후 지진을 예언한다. 자신이 예언을 했었다는 걸 포스에게 말하자, 포스는 아담 베일린의 노트에서 예언에 대해 알아보자고 한다. 노트에서 아무것도 찾지 못한 두 사람은 점점 지쳐가고, 카일은 혼자만의 힘으로 아담이 남긴 메시지를 찾으려 노력한다. 한편 조쉬는 첫 데이트를 맞이해 앤디의 도움을 받아 데이트 연습을 하고, 로리는 데클린과의 이별을 이겨내기 위해 카페에서 열리는 아마추어 공연에 참가한다. 또 스티븐은 새로 입사한 마다코프에서 에밀리를 만나게 되는데…
# 7. Free to be you and me
카일은 아담이 보낸 포스에 대한 경고 메시지를 보고 포스를 찾아가지만, 때마침 포스는 자신의 모든 흔적을 지우고 모습을 감춘다. 혼자 남은 카일은 드디어 포스의 감시에서 해방돼 인생을 즐기며 아만다와 첫 데이트를 하기로 한다. 한편, 학교에서 열리는 댄스파티에서 동성 커플의 입장을 거부하자 니콜은 이에 분개하고, 앤디와 함께 포스터를 붙이던 아이들은 댄스파티 출입을 금지 당한다. 아만다와의 첫 데이트의 꿈이 무산될 위기에 처하자 카일은 낙담하고, 앤디와 로리는 동성 커플을 위한 댄스파티를 기획한다.
# 8. What's the frequency, Kyle?
스티븐의 아버지는 뇌졸증으로 쓰러져 병원에 입원하게 되고, 스티븐은 아버지에게 차갑게 대한다. 스티븐과 함께 병원에 따라간 카일은 이상한 느낌을 받게 되고, 스티븐의 아버지가 다니던 교회의 그림을 그려낸다. 기습 폭행을 당한 후 일부러 더 강한 모습을 보이려고 애쓰는 로리를 보고 가족과 주위 사람들은 안타까워한다. 니콜은 에밀리를 두려워하는 제시를 보고 에밀리에게 신고할 수도 있다고 위협한다.
DISC 3
# 9. Ghost in the machine
로리는 자신이 아무렇지도 않다는 걸 보여주기 위해 숲 속으로 여행을 가려고 한다. 하지만 로리가 선택한 곳은 지직스가 있던 장소. 카일은 로리를 말리려고 하지만, 카일을 유혹하는 제시를 보고 화가 난 아만다까지 가세하자 어쩔 수 없이 여행에 동참하게 된다. 결국 지직스 연구소 내부까지 들어간 카일 일행은 서로 흩어진 채 불 꺼진 연구소를 헤매게 되고, 카일은 거기서 자신의 과거를 보게 된다.
#10. House of Cards
카일은 지직스에서 찾아온 아담의 상자를 열기 위해 필요한 것이 아담이 준 반지라는 걸 알게 된다. 때마침 스티븐과 함께 집에 찾아온 밸런타인이 그 반지를 가지고 있다. 카일은 데클린, 포스와 함께 마다코프에 들어가 반지를 찾아올 계획을 짜고, 스티븐에게 거짓말을 하고 마다코프 내에 잠입한다. 한편 로리는 스티븐과 에밀리가 불륜 관계라고 의심하고 회사까지 스티븐을 찾아가 따진다. 앤디가 암 환자라는 사실에 괴로워하던 조쉬는 니콜에게 상담을 요청하는데...
#11. Hands on a hybrid
아담의 상자에서 자신과 제시가 함께 찍힌 나오자, 카일과 데클린은 자선행사에서 제시에게 다가가야만 비밀을 알 수 있다는 걸 깨닫는다. 카일이 제시에게 손을 대자 제시의 과거가 보이고, 둘은 제시가 처음 지직스에서 나온 이후의 경험을 보게 된다. 한편 마다코프에서 테일러와 밸런타인은 톰을 대상으로 실험을 하고, 로리는 자신을 폭행했던 사람이 제시라는 걸 깨닫게 되는데...
#12. Lockdown
카일은 자기 때문에 집안에 불화가 계속되자 계속해서 현기증을 느끼고, 결국 꿈속에서 아담을 만나 상담을 받게 된다. 제시가 행방불명이 되자 니콜은 온 가족의 출입을 막는다. 로리는 제시에게 복수할 계획을 짜지만, 데클린이 반대하자 크게 화를 낸다. 스티븐은 자신을 못 믿는 로리 때문에 화를 내지만, 니콜까지 자신을 못 믿자 크게 실망하며 집을 나선다. 한편 조쉬는 앤디에게 마지막 만남이라는 말을 듣게 되는데...
DISC 4
#13. Leap of Faith
카일과 제시는 진실을 찾기 위해 함께 여행을 떠난다. 포스의 말에 따라 길을 가던 둘은 아담의 사진에 나왔던 식당을 발견하고 들어가는데, 식당의 할아버지는 카일과 제시를 보고 옛 손님이 왔다며 기뻐한다. 한편 트래거 가족은 카일이 없어진 이후 카일에 대해 회의를 갖는다. 조쉬의 카일 수첩으로 카일의 행적을 간추리던 가족은, 카일에 대해 의문을 품게 되고, 그 비밀에 대해 의구심을 갖게 되는데...